Importancia de la Identificación Bacteriana en Aislados Ambientales y de Agua: Comparación entre Técnicas Bioquímicas y Secuenciación Genética
13 de agosto de 2025
La identificación exacta de bacterias aisladas en controles microbiológicos de agua, productos o ambientes es un pilar fundamental para garantizar la inocuidad y la calidad en industrias farmacéuticas y entornos hospitalarios. En ese sentido es importante evaluar las limitaciones de métodos bioquímicos automatizados y la secuenciación genética (16S y WGS), especialmente en contextos como la investigación de brotes multicéntricos y hallazgos críticos notificados por el Instituto de Salud Pública (ISP) de Chile.
1.- Introducción
El monitoreo microbiológico en entornos regulados (salas limpias, sistemas de agua purificada, productos farmacéuticos, áreas hospitalarias) requiere no sólo la detección de microorganismos viables, sino también su correcta identificación para evaluar su ori en, riesgo potencial y acciones correctivas. La exactitud taxonómica es especialmente relevante ante desviaciones, fallas de proceso o brotes de contaminación.
Métodos Tradicionales de Identificación: Limitaciones de la Bioquímica Automatizada
Equipos como el Vitek Compac u otras plataformas bioquímicas son ampliamente utilizados debido a su rapidez y automatización. No obstante, presentan limitaciones importantes:
• Resolución taxonómica limitada a nivel de especie o cepa.
• Dependencia de bases de datos actualizadas.
• Requieren microorganismos viables y en buen estado fisiológico.
• Falta de capacidad para detectar organismos no cultivables.
Estas limitaciones pueden impactar directamente la calidad de las investigaciones, especialmente en situaciones de brotes o contaminaciones esporádicas siendo necesario complementarlo con métodos adicionales para garantizar resultados confiables.
Ventajas de la Secuenciación Genética en la Identificación Microbiana
Las técnicas de secuenciación del gen 16S y más recientemente la secuenciación de genoma completo (WGS), permiten:
• Identificación precisa a nivel de especie y subespecie.
• Detección de microorganismos viables pero no cultivables (VBNC).
• Comparación filogenética entre aislados clínicos y ambientales.
• Análisis metagenómico sin cultivo, ideal para matrices complejas como biofilm o agua.
Estas técnicas están siendo adoptadas por instituciones científicas y regulatorias de referencia mundial para mejorar la vigilancia microbiológica.
2.- Brotes Microbiológicos en Chile: Rol del ISP y Relevancia de la Identificación Genética
Brotes por Burkholderia cepacia complex (BCC)
Entre 2020 y 2025, el ISP ha reportado múltiples brotes multicéntricos asociados a Burkholderia contaminans en productos sanitarios, soluciones acuosas y centros de salud. Esta bacteria es especialmente problemática por:
• Alta resistencia antimicrobiana.
• Capacidad de persistencia en soluciones acuosas.
• Dificultad de identificación precisa con métodos bioquímicos convencionales.
La secuenciación genética se perfila como herramienta crucial para diferenciar cepas, rastrear fuentes de contaminación e implementar medidas correctivas.
Casos de fungemia por Sarocladium kiliense
En 2013, el ISP investigó un brote de fungemia neonatal atribuido a contaminación intrínseca de ampollas de ondansetrón. El caso puso de relieve la importancia de la identificación molecular y la coordinación nacional para contener brotes asociados a productos farmacéuticos.
3.- Aplicación Práctica en Laboratorios de Control Microbiológico
La incorporación de secuenciación genética en laboratorios permite:
• Validación de procesos de limpieza ambiental a través de perfiles microbianos.
• Control de calidad de sistemas de agua (PW, WFI), detectando bacterias no cultivables.
• Apoyo en la investigación de desviaciones, no conformidades o productos no estériles.
• Fortalecimiento del conocimiento de la flora in-house en entornos GMP y centros de salud.
4.- Conclusión
La secuenciación genética, especialmente mediante análisis 16S y genoma completo, representa una herramienta de alto valor para la identificación microbiana en la industria farmacéutica, alimentaria y hospitalaria. Frente a las limitaciones de métodos bioquímicos, la genética ofrece resolución, trazabilidad y robustez. En contextos de brotes multicéntricos y productos contaminados, su implementación puede significar la diferencia entre contener rápidamente una crisis o enfrentar consecuencias sanitarias graves.
Referencias:
- Instituto de Salud Pública de Chile. Informes de brotes microbiológicos 2020–2025.
- Genotipia. “Secuenciación de tercera generación y microbiología clínica”, 2023.
- “Secuenciación de patógenos en productos farmacéuticos”, Rev Chil Infectol, 2022.